日光温室的蔬菜苗期沤根很大程度上是由于种植管理不当所引起。初期根部会发生锈斑，严重时会造成根部腐烂，无新根长出，幼苗变黄枯蔫，严重会引起死亡。

1、施用生根剂。
在营养土或苗床上喷施生根剂之后再进行播种，可以促进种子发芽，出苗均匀，促进主根加长、加粗，侧根浓密，提高根系的活力及吸收性，预防烂根，确保长出壮苗。
2、控制温度。
育苗床土配制要科学合理，播种后到苗期之间应该确保土温稳定。如果遭遇阴雨天，光线较弱时，应该采取增温保温措施。早春育苗最好在温室内使用电热温床进行育苗，利于保温。也可以采用升温剂实施种植，确保产量和品质得到极大的提升。
3、适时通风。
在子叶展开后，选择在晴天气温较高时揭开覆盖物进行通风，并向苗床内均匀播撒一层细干土，而后覆盖严密覆盖物，此方法不仅可以降低床土湿度，还能起到一定的增温效果。
4、增加光照。
日光温室育苗之前，最好选择光照充足的地方建设苗床。不仅利于幼苗正常生长，提高其抗病性，还能够减少植株苗期沤根的出现或蔓延。
5、降低湿度。
在日光温室进行育苗时，通常苗床不明显干旱时不灌溉，应该尽可能少灌溉或不灌溉，明显干旱时灌溉量也最好不要过大。苗床内最好宜干勿湿，如果苗床过干，可以覆盖湿润细土，不但可以缓解幼苗对水分的需求，还能降低苗床内的湿度，如果床内湿度过大，可以采取覆盖干草木灰，也可以在气温较高的中午适当实施通风除湿。
6、施足农家肥。
蔬菜育苗，最好增施农家肥，特别是热性肥，不但利于地力肥沃，栽培壮苗，提高幼苗抗病性，还可以提高日光温室地温，减少病害出现。具体操作方法是在蔬菜育苗之前，把充分发酵腐熟的热性农家肥搅碎与床土混拌。需要注意的是一定要使用腐熟的热性农家肥，避免引起烧根。